I 1771 fik Christian Gormsen Biering kongeligt privilegium til at oprette et adressekontor med tilhørende bogtrykkeri i Odense, og året efter begyndte han at udgive avis.

Det første eksemplar kom på gaden den 3. januar 1772 under navnet “Kongelig Priviligerede Odense Adresse-Contoirs Efterretninger”.

Først i 1852 fik avisen det nuværende navn Fyens Stiftstidende. Udgivelsen af Adresse-Contoirets Efterretninger bliver i 1797 overtaget af Søren Hempel, og i de næste 174 år var avisen midtpunkt i et borgerligt familiedynasti, som i udholdenhed savner sidestykke i pressehistorien.

Avisen gik fra far til søn, til svigersøn, til søn, til sønnesøn og til svigerdatter. Den sidste, Lily Dreyer, overdrog i 1970 aktierne til en selvejende institution “Den fynske Bladfond”, der siden har stået som ejer af avisen. Bladfondens formål er at støtte en fri presse i almindelighed og Fyens Stiftstidende i særdeleshed.

I 2002/2003 blev det besluttet, at Fyens Stiftstidende skulle flytte fra Blangstedgårdsvej til en centralt beliggende plads i bymidten, og der blev indgået aftale med entreprenørfirmaet NCC om opførelsen af et nyt mediehus på grunden overfor Odense Banegårdscenter.

Fyens Stiftstidendes trykkeri og distributionsselskab forblev på Blangstedgårdsvej. Mediehuset på Banegårdspladsen blev indviet den 13. juni 2005.

Den 10. februar 2009 gik Fyens Stiftstidende delvis i tabloidformat, idet den lokale sektion blev omlagt til dette mere kompakte format. Samtidig skete der en række indholdsmæssige fornyelser, ligesom avisen fik nyt design.

Pr. 1. marts 2010 udkommer de to dagblade i tabloid og Fyns Amts Avis bliver morgen- og 7-dages avis.

Fyens Stiftstidende er ejet af Fynske Medier P/S.